बाइबल के ओल्ड टेस्टामेंट और कुरान के अनुसार, जिस क्षेत्र में आज आधुनिक इज़राइल स्थित है, वह पहले कनान (Canaan) के नाम से जाना जाता था। बाइबल में इस क्षेत्र को "दूध और शहद की धरती" के रूप में वर्णित किया गया है: "I have come down to deliver them out of the hand of the Egyptians, and to bring them up from that land to a good and large land, to a land flowing with milk and honey" (Exodus 3:8)।
कुरान में भी इसे "पवित्र भूमि" के रूप में उल्लेखित किया गया है: "O my people, enter the Holy Land which Allah has assigned to you" (Surah Al-Ma’idah 5:21)।
समय के साथ पर्यावरणीय परिवर्तन, युद्ध और अन्य कारणों से इस क्षेत्र का अधिकांश हिस्सा मरुस्थल में बदल गया। ऐतिहासिक तथ्यों के अनुसार, "फिलिस्तीन" नाम दूसरी शताब्दी ईस्वी में रोमन साम्राज्य द्वारा "सीरिया पालेस्तिना" नामकरण के बाद प्रचलित हुआ, जो फिलिस्तीन (Philistines) जाति से संबंधित था। अब्राहम और याकूब के समय (2000-1200 ईसा पूर्व) यह क्षेत्र "कनान" के नाम से जाना जाता था।
यहूदी और मुस्लिम दोनों धर्मों के लोग स्वयं को भाई मानते हैं, क्योंकि दोनों का मूल पूर्वज अब्राहम (इब्राहिम) था। अब्राहम का समयकाल 2000-1800 ईसा पूर्व के बीच अनुमानित है। बाइबल में उन्हें "कई राष्ट्रों का पिता" घोषित किया गया है: "I have made you a father of many nations" (Genesis 17:5)। कुरान में उन्हें "एकमात्र ईश्वर का अनुयायी" और "राष्ट्र का नेता" के रूप में वर्णित किया गया है (Surah Al-Baqarah 2:124)। अब्राहम के दो पुत्रों, इसहाक (यहूदियों के पूर्वज) और इस्माइल (अरबों के पूर्वज) के माध्यम से यहूदी और मुस्लिमों के बीच आध्यात्मिक संबंध स्थापित हुआ। अब्राहम के नाम पर यहूदी जाति का एक नाम "हिब्रू" (Hebrew) पड़ा।
अब्राहम के पौत्र याकूब, जिन्हें "इज़राइल" नाम दिया गया था, कनान की 12 जनजातियों (रूबेन, सिमोन, लेवी, यहूदा, दान, नफ्ताली, गाद, आशेर, इस्साकार, ज़बुलुन, मनश्शे, एफ्रायम, बिन्यामिन) को एकजुट करने में सफल रहे। ये जनजातियाँ सामूहिक रूप से "बनी इस्राइल" (Children of Israel) के नाम से जानी गईं। याकूब कहते हैं: "Gather together, that I may tell you what shall befall you in the last days" (Genesis 49:1)। इन जनजातियों में से यहूदा (Judah) जनजाति ने बाद में यहूदियों का नेतृत्व किया। "यहूदा" शब्द से "Jewish" और "यहूदी" शब्द की उत्पत्ति हुई, जो भाषाई परिवर्तन का परिणाम है।
1800 ईसा पूर्व के आसपास, सुमेर के उर नगर और उत्तरी अरब में रहने वाले यहूदियों को अब्राहम ने सबसे पहले कनान क्षेत्र का मार्ग दिखाया। लेकिन बाद में, कुछ यहूदी याकूब के नेतृत्व में मिस्र चले गए और वहाँ 400 वर्षों तक गुलामी का दुख भोगा। 400 वर्ष बाद, अर्थात् 1300 ईसा पूर्व या 1200 ईसा पूर्व के समय में, मूसा (Moses) नामक एक यहूदी नेता ने उन्हें मुक्त करके कनान (इज़राइल) ले गए।
मूसा (Moses) द्वारा प्रतिपादित दस आज्ञाएँ (Ten Commandments) यहूदी धर्म का आधार बनीं: "You shall have no other gods before Me" (Exodus 20:3)। मूसा के नेतृत्व में यहूदी कनान में स्थायी हुए, जो बाद में "इज़राइल" के नाम से जाना गया।
राजा सोलोमन के समय (10वीं शताब्दी ईसा पूर्व) में इज़राइल एक समृद्ध और वैभवशाली देश बन गया। सोलोमन की बुद्धिमत्ता और समृद्धि बाइबल में वर्णित है: "And God gave Solomon wisdom and exceedingly great understanding" (1 Kings 4:29)। सोलोमन के शासनकाल में जेरूसलम में पहला मंदिर बनाया गया, जो यहूदियों का धार्मिक केंद्र बना। लेकिन सोलोमन की मृत्यु (930 ईसा पूर्व) के बाद, जातीय कलह के कारण इज़राइल दो राज्यों में विभाजित हो गया: उत्तरी इज़राइल (10 जनजातियाँ) और दक्षिणी यहूदा (Judah)।
इसका लाभ उठाकर विदेशी शत्रुओं ने इज़राइल पर आक्रमण शुरू किया। 722 ईसा पूर्व में असीरियाई साम्राज्य ने उत्तरी इज़राइल को जीत लिया और 10 जनजातियों को निर्वासित कर दिया, जिन्हें "Lost Tribes of Israel" कहा जाता है। कनान देश की कुल बारह मानव गोतियों में से रूबेन, शिमोन, दान, नफ्ताली, गाद, आशेर, इस्साखार, ज़बुलुन, मनश्शे और एफ्रायम आदि दस गोतियों के लोग शायद असीरियाई साम्राज्य के विभिन्न क्षेत्रों में निर्वासित होकर स्थानीय लोगों के साथ मिल गए या फिर इराक, ईरान, अफगानिस्तान, पाकिस्तान, भारत और जापान जैसे क्षेत्रों में जाकर बस गए। हालांकि, इज़राइल की इन दस गोतियों का इतिहास स्पष्ट नहीं है।
कुछ सौ वर्ष बाद, 578 ईसा पूर्व में बाबिलोनी साम्राज्य ने दक्षिणी यहूदा को जीत लिया और जेरूसलम में स्थित पहले मंदिर को ध्वंस कर दिया। यह बाबिलोनी निर्वासन यहूदियों के लिए एक भयंकर विपदा थी। बाबिलोनी निर्वासन के दौरान यहूदी दुख में टूट गए और बाबिलोन की नदियों के किनारे बैठकर अपनी खोई हुई मातृभूमि सिय्योन (जेरूसलम) के लिए विलाप करते थे।
150 अध्यायों वाले भजन संहिता (Psalm) के 137वें अध्याय के पहले पद में यह बात बहुत मार्मिक ढंग से वर्णित है: "By the rivers of Babylon, there we sat down, yea, we wept when we remembered Zion" (Psalm 137:1)।
कुछ वर्ष बाद, 539 ईसा पूर्व में फारसी राजा साइरस ने बाबिलोन को जीत लिया और यहूदियों को जेरूसलम लौटने की अनुमति दी। इसके बाद दूसरा मंदिर (516 ईसा पूर्व) बनाया गया। राजा हेरोद (37-4 ईसा पूर्व) ने इस मंदिर को और भव्य बनाया। लेकिन यहूदियों के दुख के दिन समाप्त नहीं हुए। कुछ वर्षों की सुख-शांति के बाद फिर से भयानक अत्याचारों ने यहूदी जाति को गंभीर रूप से क्षतिग्रस्त किया।
70 ईस्वी में ईसाई धर्म से दीक्षित रोमन लोगों ने जेरूसलम पर आक्रमण किया और यहूदियों के दूसरे मंदिर को ध्वंस कर दिया। हजारों यहूदी पुरुष, महिलाएँ और बच्चे मारे गए। यहूदी इतिहासकार फ्लावियस जोसेफस की रचना The Jewish War के अनुसार, उस समय 50,000 से 100,000 यहूदी मारे गए। प्रतिदिन 500 तक यहूदी बंदियों को सूली पर चढ़ाया गया और कईयों की नृशंस हत्या की गई। लगभग 97,000 यहूदियों को दास बनाया गया और रोमन साम्राज्य के विभिन्न स्थानों पर बेचा गया। रोमन ईसाइयों ने जेरूसलम को घेरकर भोजन और जल की आपूर्ति बंद कर दी, जिसके परिणामस्वरूप कई यहूदी भुखमरी से मर गए। जेरूसलम को लूट लिया गया और शहर का अधिकांश हिस्सा जला दिया गया। फलस्वरूप, कई यहूदी उत्तरी अफ्रीका, फारस, दक्षिणी यूरोप, चीन, भारत, जापान और अन्य क्षेत्रों में भाग गए।
रोमनों द्वारा दूसरे मंदिर के ध्वंस के बाद, योहानन बेन ज़क्काई के नेतृत्व में रब्बाइनिक यहूदी धर्म का विकास हुआ। सिनागॉग और तोराह नए धार्मिक केंद्र बन गए। जेरूसलम घेरे के दौरान यहूदी समूहों (जैसे ज़ीलोट्स) के बीच आंतरिक विभेद ने जेरूसलम के पतन को और तेज किया। फिर भी, ईश्वर में विश्वास रखने वाले यहूदियों ने इस दुर्दशा को ईश्वरीय दंड मानकर प्रायश्चित किया और जेरूसलम लौटने की आशा में अन्य देशों में भाग गए। निर्वासन के दुख को सहते हुए भी यहूदियों ने अपनी धार्मिक परंपराओं को जीवित रखा ।
यूरोप में ईसाई धर्म के उदय के साथ यहूदी-विरोधी भावना (Anti-Semitism) बढ़ी। यहूदियों को "यीशु के हत्यारे" के रूप में आरोपित किया गया। रोमन सम्राट कॉन्स्टैंटाइन (चौथी शताब्दी) ने ईसाई धर्म को राजधर्म घोषित करके यहूदियों को "राक्षस" और उनके सिनागॉग्स को "वेश्यालय" घोषित किया। कॉन्स्टैंटाइन के कानूनों ने कई यहूदियों को ईसाई धर्म अपनाने के लिए मजबूर किया। यहूदी धर्मावलंबियों को सिनागॉग में पूजा करने पर कुछ प्रतिबंध लगाए गए। यहूदियों को रोमन प्रशासनिक पदों या उच्च सैन्य पदों पर नियुक्ति नहीं दी जाती थी। छोटे-मोटे अपराधों के लिए, और कभी-कभी बिना अपराध के भी, यहूदियों को पकड़कर दंडित किया जाता था। निकिया सभा (325 ईस्वी) के माध्यम से ईसाई त्योहारों (जैसे ईस्टर) को यहूदी त्योहारों (जैसे पासोवर) से संबंध विच्छेद करने का निर्णय लिया गया, जिसने यहूदियों को ईसाइयों से और अधिक अलग कर दिया। कॉन्स्टैंटाइन ने जेरूसलम को ईसाई तीर्थस्थल के रूप में पुनर्निर्माण किया (उदाहरण: चर्च ऑफ द होली सेपुल्कर)। यहूदियों को जेरूसलम में रहने या मंदिर पुनर्निर्माण करने पर सख्त प्रतिबंध लगाया गया। कॉन्स्टैंटाइन की ईसाई-केंद्रित नीतियों ने यहूदियों को ईसाइयों से सामाजिक रूप से अलग कर दिया। उनके शासनकाल में यहूदी-विरोधी भावना को प्रोत्साहन मिला, जो बाद की शताब्दियों में और तीव्र हुई।
पांचवीं से बारहवीं शताब्दी (401–1200 ईस्वी) के बीच यहूदियों को रोमन साम्राज्य, बाइजेंटाइन साम्राज्य, यूरोपीय राष्ट्रों और मुस्लिम शासित क्षेत्रों में विभिन्न प्रकार के अत्याचारों और भेदभाव का सामना करना पड़ा। यह समय मध्यकालीन यूरोप में ईसाई और मुस्लिम प्रभुत्व का दौर था।
सम्राट जस्टिनियन (527–565 ईस्वी) ने अपने जस्टिनियन कोड के माध्यम से यहूदियों को सरकारी पदों से वंचित किया और सिनागॉग निर्माण तथा धार्मिक अनुष्ठानों पर सख्त नियंत्रण लगाया। कुछ क्षेत्रों में यहूदियों को ईसाई धर्म अपनाने के लिए मजबूर किया गया। सम्राट हेराक्लियस (610–641) के समय में ये कानून और सख्ती से लागू किए गए।
छठी और सातवीं शताब्दी में स्पेन में विसिगोथिक राजाओं जैसे रिकारेड प्रथम और सिसेबट ने यहूदियों को ईसाई धर्म अपनाने के लिए बाध्य किया। अवज्ञा करने वालों को निर्वासन, संपत्ति जब्ती या मृत्युदंड दिया गया।
11वीं शताब्दी में, प्रथम क्रूसेड के दौरान, यूरोप, विशेष रूप से जर्मनी के राइनलैंड क्षेत्र में यहूदियों का व्यापक नरसंहार हुआ। ईसाई क्रूसेडरों ने यहूदियों को "यीशु के शत्रु" घोषित करके माइंज, वर्म्स, स्पेयर जैसे शहरों में हजारों की संख्या में हत्या की। फ्रांस, जर्मनी और इंग्लैंड में यहूदियों को विशिष्ट पेशों (जैसे सूदखोरी) तक सीमित रखा गया और अन्य पेशों से वंचित किया गया। ईसाइयों में यहूदियों के प्रति इतनी घृणा थी कि उन्हें अपने घरों या गाँवों के पास रहने की अनुमति नहीं दी जाती थी। यहूदियों को "घेटो" (पृथक आवास) में रहने के लिए मजबूर किया जाता था। यहूदियों को बदनाम करने के लिए मध्यकालीन यूरोप में "Wandering Jew" जैसी मिथ्या किंवदंतियाँ गढ़ी गईं, जिसने यहूदी-विरोधी हिंसा को और बढ़ाया।
इसी तरह, "ब्लड लिबेल" (Blood Libel) का आरोप भी मध्यकालीन यूरोप में यहूदी समुदाय के खिलाफ हिंसा और उत्पीड़न का एक प्रमुख कारण था। इस मिथ्या आरोप में कहा जाता था कि यहूदी ईसाई बच्चों की हत्या करके उनके रक्त को धार्मिक अनुष्ठानों के लिए उपयोग करते थे। इससे ईसाई समाज में यहूदियों के प्रति भय, घृणा और संदेह पैदा हुआ, जो 20वीं शताब्दी तक यहूदी-विरोधी भावना (antisemitism) को बढ़ाता रहा। इस आरोप के कारण यहूदी सामूहिक हिंसा, नरसंहार (पोग्रोम्स), सामाजिक-आर्थिक अलगाव और निर्वासन का शिकार हुए।
1144 में इंग्लैंड के नॉर्विच में एक ईसाई बालक विलियम की हत्या के लिए यहूदियों को जिम्मेदार ठहराया गया। यह यूरोप में पहला "ब्लड लिबेल" आरोप के रूप में चिह्नित हुआ। इस घटना से स्थानीय यहूदी समुदाय पर हिंसा और उत्पीड़न बढ़ा। 1255 में इंग्लैंड के लिंकन में एक ईसाई बालक ह्यू की मृत्यु के लिए यहूदियों को "ब्लड लिबेल" के तहत दोषी ठहराया गया। इस घटना में कई यहूदियों को गिरफ्तार कर मृत्युदंड दिया गया। इससे इंग्लैंड में यहूदी-विरोधी भावना और बढ़ी, जिसने 1290 में यहूदियों के देश से निष्कासन में एक भूमिका निभाई। 1298 में जर्मनी के ब्लूस (Bloos) शहर में एक ईसाई बच्चे की मृत्यु के लिए यहूदियों को जिम्मेदार ठहराया गया। इस "ब्लड लिबेल" के कारण स्थानीय यहूदी समुदाय पर हमला हुआ, जिसमें कई यहूदी मारे गए और उनकी संपत्ति नष्ट की गई। इसने जर्मनी के अन्य क्षेत्रों में भी यहूदी-विरोधी हिंसा को बढ़ावा दिया। 1475 में इटली के ट्रेंट क्षेत्र में एक ईसाई बच्चे साइमन की हत्या के लिए भी यहूदियों पर आरोप लगाया गया। इस मिथ्या आरोप में यहूदी नेताओं और समुदाय के सदस्यों को गिरफ्तार कर यातना दी गई और कुछ को मृत्युदंड दिया गया। इससे इटली और जर्मनी में यहूदी-विरोधी हिंसा और बढ़ी। "ब्लड लिबेल" ने जनता में यहूदियों के प्रति रोष को बढ़ाया, जिसके परिणामस्वरूप सामूहिक हमले, लूटपाट और हत्याएँ हुईं। यहूदियों को इंग्लैंड (1290), फ्रांस (1306) और स्पेन (1492) जैसे देशों से निष्कासित किया गया।
14वीं शताब्दी में, मुख्य रूप से 1346-1353 के बीच, यूरोप, एशिया और अफ्रीका में प्लेग फैला। यह इतिहास की सबसे घातक महामारियों में से एक थी।
नवीं शताब्दी में यूरोपीय घरों में बिल्लियों को पालना शुरू हुआ। दसवीं शताब्दी तक यूरोपीय धनिकों ने बड़े घरों में बिल्लियों को चूहे मारने के लिए रखा। लेकिन 11वीं से 12वीं शताब्दी के बीच यूरोपीय ईसाई समाज में बिल्लियों को शैतान का दूत, जादूगरनी का सहायक या जादूगरनी का छद्म रूप मानकर घृणा की नजर से देखा गया। फलस्वरूप, हजारों बिल्लियों को मार डाला गया। इधर, सिल्क रोड के माध्यम से यूरोप में प्लेग रोग आया। यह मंगोल व्यापारियों और सैनिकों द्वारा फैला, और प्लेग के संचरण में मुख्य खलनायक चूहे थे। चूँकि यूरोपियों ने अंधविश्वास के कारण हजारों बिल्लियों को मार डाला था, इसलिए चूहों की संख्या अनियंत्रित रूप से बढ़ी, जिसके साथ पूरे यूरोप में प्लेग रोग भी फैल गया। इस प्लेग ने इतना भयानक रूप लिया कि इसे "ब्लैक डेथ" नाम दिया गया। प्लेग के कारण तत्कालीन यूरोपीय जनसंख्या का 30% से 60% (लगभग 25 मिलियन से 50 मिलियन) लोग मारे गए।
चूँकि दोषारोपण के लिए बिल्लियाँ नहीं थीं, इसलिए ईसाइयों ने प्लेग के लिए जादूगरों, तांत्रिकों, जादूगरनी विद्या जानने वाली महिलाओं और यहूदियों को जिम्मेदार ठहराया। कई महिलाओं को जादूगरनी के संदेह में मार डाला गया। ईसाइयों ने यहूदियों को प्लेग के लिए जिम्मेदार माना क्योंकि यहूदियों में प्लेग से मृत्युदर सामान्य यूरोपीय जनसंख्या की तुलना में लगभग 20% कम थी। यहूदियों की स्वच्छता प्रथाएँ (जैसे- हाथ धोना, स्वच्छ भोजन, शुद्ध आवास और मृतकों का उचित अंतिम संस्कार) के कारण मृत्युदर कम थी, लेकिन तत्कालीन यूरोपीय ईसाई इसे समझ नहीं पाए। फलस्वरूप, यूरोपीय ईसाइयों ने यहूदियों पर "कुओं में जहर डालने" का अन्यायपूर्ण आरोप लगाया। बारबरा टकमैन के शब्दों में - "The Jews were accused of poisoning wells, spreading the plague, and other heinous crimes" (Barbara Tuchman, A Distant Mirror)।
प्लेग के वाहक और कारण के रूप में यहूदियों को मानकर यूरोपीय ईसाइयों ने हजारों यहूदियों की हत्या की और उनकी संपत्ति लूट ली। टूलोन (1348) में 40 यहूदियों को उनके घरों में क्रूरता से मार डाला गया। स्ट्रासबर्ग (1349) में, जहाँ प्लेग नहीं फैला था, फिर भी हिंसा, घृणा और भय के कारण 2,000 यहूदियों को "वैलेंटाइन डे" नरसंहार में जला दिया गया। माइंज (1349) में 3,000 यहूदी समुदाय नष्ट हो गए। यहूदियों ने पहले आत्मरक्षा की, लेकिन ईसाई हमलावरों ने उन्हें परास्त कर सभी को मार डाला। स्पेयर में यहूदियों के शवों को शराब के पीपों में भरकर राइन नदी में फेंक दिया गया। कोलोन और फ्रैंकफर्ट में एक भी यहूदी नरसंहार से नहीं बच सका। काइबर्ग कास्टेल (1349) में 330 यहूदियों को जिंदा जला दिया गया। 1348-1351 के बीच लगभग 350 बड़े और छोटे नरसंहार हुए, जिनमें 510 यहूदी समुदाय नष्ट हो गए। माइंज में 6,000 और फ्रैंकफर्ट में 19,000 से अधिक यहूदी नष्ट होने का रिकॉर्ड मिलता है। कई स्थानों पर हजारों यहूदियों को मार डाला गया या निर्वासित किया गया, जिसके परिणामस्वरूप फ्रांस, जर्मनी और इंग्लैंड में यहूदी समुदाय लगभग विलुप्त हो गए। इन अत्याचारों के कारण कई यहूदी पश्चिमी यूरोप से पोलैंड और लिथुआनिया भाग गए, जहाँ पोलैंड के राजा "कासिमिर तृतीय" ने उन्हें आश्रय दिया।
हालांकि, यहूदी जहाँ भी निर्वासन में गए, वहाँ अत्याचारों का शिकार हुए। उदाहरण के लिए, उत्तरी अफ्रीका के मोरक्को में रहने वाले यहूदियों पर 1465 में मुसलमानों ने हमला किया और कई लोगों को मार डाला।
1492 में, स्पैनिश इंक्विजिशन (Spanish Inquisition) के दौरान, राजा फर्डिनांड और रानी इसाबेला के आदेश पर यहूदियों को स्पेन से निर्वासित किया गया। जिन्होंने ईसाई धर्म नहीं अपनाया, उन्हें देश छोड़ने के लिए मजबूर किया गया, अन्यथा यातना या मृत्युदंड दिया जाता था। इस निर्वासन के कारण लाखों यहूदी तुर्की, उत्तरी अफ्रीका और अन्य स्थानों पर भाग गए। 1497 में, पुर्तगाल में भी यहूदियों को ईसाई धर्म अपनाने के लिए मजबूर किया गया, नहीं तो उन्हें निर्वासन या मृत्युदंड दिया जाता था।
यूक्रेन और पोलैंड क्षेत्र में खमेलनित्स्की विद्रोह (1648–1657) के दौरान यहूदी समुदाय पर भयानक अत्याचार हुए। हजारों यहूदियों की हत्या की गई और कई को निर्वासित किया गया।
सत्रहवीं शताब्दी में रूस में यहूदियों को रहने पर प्रतिबंध लगाया गया और उन्हें कई पोग्रोम्स (संगठित हिंसा) का शिकार होना पड़ा।
अठारहवीं शताब्दी में "पेल ऑफ सेटलमेंट" नीति के तहत यहूदियों को रूस के विशिष्ट क्षेत्रों (मुख्यतः पश्चिमी रूस, यूक्रेन और पोलैंड) में रहने के लिए मजबूर किया गया। इन क्षेत्रों में वे आर्थिक और सामाजिक असमानता का शिकार हुए। अठारहवीं शताब्दी के जर्मनी में भी यहूदी अत्याचारों का शिकार हुए। उन्हें सीमित अधिकार दिए जाते थे और विशिष्ट पेशों एवं क्षेत्रों में रहने के लिए बाध्य किया जाता था।
उन्नीसवीं शताब्दी में रूस में पोग्रोम्स और अधिक तीव्र हुए, विशेष रूप से 1881–1884 और 1903–1906 के बीच यहूदियों पर अत्याचार हुए। हजारों यहूदियों की हत्या की गई और कई लोग पश्चिमी यूरोप और अमेरिका की ओर पलायन कर गए।
उन्नीसवीं शताब्दी के फ्रांस में ड्रेफस प्रकरण (1894) में यहूदी सैन्य अधिकारी अल्फ्रेड ड्रेफस को झूठे राजद्रोह के आरोप में दंडित किया गया, जो फ्रांस में यहूदी-विरोधी भावना को दर्शाता था। जर्मनी और ऑस्ट्रिया में उन्नीसवीं शताब्दी में यहूदी-विरोधी भावना बढ़ी, जो अगली शताब्दी में होलोकॉस्ट का मूल कारण बनी।
बीसवीं शताब्दी में होलोकॉस्ट (1933-1945) यहूदी इतिहास का सबसे भयावह अध्याय था। 1933 से 1945 तक नाज़ी जर्मनी और उसके सहयोगियों द्वारा होलोकॉस्ट आयोजित किया गया, जो इतिहास में यहूदियों पर हुआ सबसे भयानक संगठित अत्याचार था। यह नाज़ी नेता एडॉल्फ हिटलर की "फ़ाइनल सॉल्यूशन" नीति का हिस्सा था, जिसका मुख्य लक्ष्य यूरोप से यहूदी जाति को पूरी तरह नष्ट करना था। पहले चरण में यहूदियों को जर्मनी, पोलैंड और अन्य नाज़ी-अधिकृत क्षेत्रों में घेटो व्यवस्था में अत्यंत अस्वास्थ्यकर परिस्थितियों में रखा गया। इन घेटो में अत्यंत खराब जीवनयापन की स्थिति, कुपोषण और बीमारियाँ आम थीं। यहूदियों को उनके घरों से जबरन बेदखल कर कंसंट्रेशन कैंप्स और डेथ कैंप्स में भेजा गया। यह निर्वासन अधिकांश समय अमानवीय परिवहन साधनों (जैसे पशु वैगनों) के माध्यम से हुआ, जिसके कारण कई लोग भोजन, पानी और ऑक्सीजन की कमी से मर गए।
यहूदियों को श्रम शिविरों (लेबर कैंप्स) में अमानवीय परिस्थितियों में काम करने के लिए मजबूर किया गया। कुपोषण, अत्यधिक श्रम और यातनाओं के कारण कई लोग मरे। हजारों यहूदी महिलाएँ बलात्कार का शिकार हुईं। नाज़ियों ने ऑशविट्ज़-बिरकेनाउ, ट्रेबलिंका, सोबिबोर, बेल्ज़ेक, माजदानेक और चेल्मनो जैसे शिविरों में गैस चैंबर्स के माध्यम से लाखों यहूदियों की हत्या की। ज़ायक्लॉन-बी जैसे जहरीली गैस और कार्बन मोनोऑक्साइड का उपयोग कर ईसाई नाज़ियों ने यहूदियों को यातना देकर मारा।
आइन्सात्सग्रुपेन नामक एक विशेष नाज़ी दस्ते ने पूर्वी यूरोप (विशेष रूप से रूस, यूक्रेन और बेलारूस) में गाँवों और शहरों में घूम-घूमकर रोमा जाति, कम्युनिस्टों, मुसलमानों और विशेष रूप से यहूदियों को गोली मारकर हत्या की। इस दस्ते ने गैर-ईसाई महिलाओं का बलात्कार कर उनकी हत्या की। बाबी यार (1941) जैसे नरसंहार में केवल दो दिनों में 33,000 से अधिक यहूदियों को मार डाला गया।
जोसेफ मेंगले जैसे ईसाई नाज़ी डॉक्टरों ने यहूदी बंदियों पर अमानवीय चिकित्सा प्रयोग किए। ये डॉक्टर बिना एनेस्थीसिया के यहूदियों पर यातनापूर्ण प्रयोग करते थे, जिसमें रासायनिक और जैविक परीक्षण शामिल थे।
होलोकॉस्ट के दौरान लगभग 60 लाख (6 मिलियन) यहूदियों को मार डाला गया, जो उस समय यूरोप की यहूदी जनसंख्या का लगभग दो-तिहाई था। ये हत्याएँ विभिन्न देशों और शिविरों में हुईं। पोलैंड होलोकॉस्ट का सबसे बड़ा केंद्र था, जहाँ लगभग 30 लाख यहiatryी मारे गए। आइन्सात्सग्रुपेन दस्ते ने पूर्वी यूरोप में लगभग 10-15 लाख यहूदियों को गोली मारकर मारा। अन्य शिविरों और घेटो में भी कई यहूदी मारे गए। जर्मनी में लगभग 1,65,000 यहूदियों को निर्वासित किया गया, जिनमें से अधिकांश शिविरों में मारे गए। 1944 में, 4,37,000 से अधिक हंगेरियाई यहूदियों को ऑशविट्ज़ भेजा गया, जिनमें से अधिकांश की हत्या की गई। फ्रांस में लगभग 76,000 यहूदी निर्वासित होकर शिविरों में मारे गए। नीदरलैंड में लगभग 1,00,000 यहूदी मारे गए। रोमानिया में लगभग 2,70,000 यहूदी मारे गए। चेकोस्लोवाकिया में 80,000 यहूदी मारे गए। अन्य देशों जैसे इटली, बेल्जियम, ग्रीस आदि में भी हजारों यहूदी मारे गए।
होलोकॉस्ट के बारे में एली वीज़ल ने कहा: "The Holocaust was not only a Jewish tragedy but a human tragedy, a scar on the conscience of the world."
होलोकॉस्ट के बाद, सायनवाद (Zionism) के माध्यम से यहूदियों ने अपनी प्राचीन मातृभूमि में लौटने की कोशिश की। 1948 में आधुनिक इज़राइल राष्ट्र की स्थापना हुई। अपनी मूलभूमि में स्वतंत्र देश के गठन के बाद यहूदियों ने मृतप्राय हिब्रू भाषा को राष्ट्रीय भाषा बनाकर इसे पुनर्जनन दिया। केवल छह दशकों में, इज़राइल ने विज्ञान, कृषि और प्रौद्योगिकी के क्षेत्र में अभूतपूर्व प्रगति की। किबुत्ज़ (सामूहिक कृषि समुदाय) और ड्रिप इरिगेशन जैसी नवीन प्रणालियों ने इज़राइल के मरुस्थल को हरा-भरा और सुंदर बनाया। एक समय इसकी कल्पना करते हुए इज़राइल के पहले प्रधानमंत्री डेविड बेन-गुरियन ने कहा था: "A nation’s strength lies in its unity and pride in its heritage."
आज उनका सपना साकार हो चुका है। हालांकि विपत्तियों का काला बादल पूरी तरह से इज़राइल और यहूदियों से हटा नहीं है, फिर भी इज़राइल आज एक शक्तिशाली राष्ट्र के रूप में पूरे मध्य पूर्व में सिर उठाकर खड़ा है। सभी यहूदी-विरोधी ताकतें सौ बार कोशिश करने के बावजूद इज़राइल को हरा नहीं सकीं। केवल छह दशकों में इज़राइल की प्रगति से अन्य मानवजातियों को बहुत कुछ सीखने को मिल सकता है। विशेष रूप से, जातिवाद,क्षेत्रवाद और भिन्न भिन्न विचारधाराओं में बंटे हिन्दूओं को यह सीखना आवश्यक है कि यदि आज वह अपने लिए, अपने पहचान के लिए नहीं लड़ते तो यहूदियों की तरह अत्याचारित होगें । अगर हिन्दू आज एक नहीं होते तो यहुदियों कि भांति अपनी माटी और अपनी पहचान खोकर अनंत दुख और यातना सहनी पड़ेगी।
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